V obdobju 3 - 5 dni, kolikor traja menstruacija, večina žensk izgubi med 50 do 150 mL krvi in celičnega drobirja, kar je fiziološko nepomembna količina. Kljub temu pa je bilo okrog menstrualnega izločka kar nekaj debat, ki so se dotikale vprašanja ali privablja morske pse. Za tovrstno prepričanje ni nikakršnih trdnih dokazov, ravno tako kot za hipoteze, ki trdijo, da razgrajena kri, pomešana z drugimi menstrualnimi izločki deluje kot repelent za morske pse. Nesporni dokazi pa obstajajo za incidenco napadov morskih psov na ženske: razmerje je približno 1:10 - v prid moškim.
Potapljanje v obdobju menstruacije je tako bolj vprašanje počutja in praktičnosti kot česarkoli drugega. Logična izbira pri potapljanju je uporaba higienskih tamponov namesto klasičnih higienskih vložkov.
Čeprav lahko v nekaterih primerih menstruacija prinaša določene fiziološke in psihološke spremembe, ki zmanjšujejo zmožnost za potapljanje, je raziskava, ki so jo v 70. letih minulega stoletja izvedli na Olimpijskih igrah pokazala, da se v tem obdobju niso bistveno zmanjšale sposobnosti doseganja rezultatov, ki so jih športnice sicer dosegale v drugih obdobjih menstrualnega ciklusa.
Druge raziskave so se osredotočile na povečano možnost za nastanek dekompresijske bolezni zaradi sicer normalnega zadrževanja tekočine in otekline v maternici in njenem tkivu med menstruacijo. Rezultati teh raziskav kažejo, da obstaja rahlo večja možnost za razvoj dekompresijske bolezni med in nekaj dni po koncu menstruacije. Dobra praksa pri potapljanju v tem obdobju bi torej bila nekoliko daljši varnostni postanek oz. izvajanje potopov v režimu, ki je nekoliko bolj pomaknjen v varno območje varnostne krivulje. Iste raziskave so tudi pokazale, da v menstrualnem obdobju najverjetneje ravno zaradi zadrževanja tekočine in otekline prihaja tudi do zadebelitve drugih sluznic, zaradi česar je npr. zaradi zadebelitve sluznice evstahijeve cevi lahko oteženo izenačevanje zračnega prostora v srednjem ušesu ter zaradi zadebelitve sluznic sinusnih zračnih votlin nekoliko večje tveganje za razvoj sinusne barotravme. Dobra praksa tako vključuje namenitev nekoliko več pozornosti tehnikam izenačevanja, ki naj bodo dosledne (na 1m naraščanja globine), predvsem pa pravilno izvedene.
Nekatere ženske menstruacijo prenašajo nekoliko slabše, z razvitimi psihološkimi in fiziološkimi problemi, npr. razdražljivostjo, napetostjo, depresijo, slabim počutjem, siljenjem na bruhanje, večjo občutljivostjo za razvoj potovalne slabosti (morske bolezni) in mišičnimi krči. Počutje je tudi tu glavno vodilo - če se ne počutite dobro, se ne potapljajte.
Številne ženske v premenstrualnem in menstrualnem obdobju mučijo migrenski glavoboli. Kot velja za migreno nasploh, se je v takem stanju priporočljivo izogibati potapljanju ter vseh drugih sprožilnih dejavnikov migrene.
Za zaključek velja omeniti, da so težave pri potapljanju v obdobju menstruacije redke in običajno blage. Mnoge ženske, ravno nasprotno, trdijo, da potapljanje v dovolj topli vodi zmanjša boleče krče maternice. To je moč pojasniti s tem, da se zaradi navidezno breztežnostnega stanja tako prečnoprogaste mišične skupine trebuha kot gladke mišice maternice sprostijo.

Oralni hormonski kontraceptivi (OHK)

Čeprav v literaturi obstajajo trditve, da imajo OHK podobne farmakološke učinke tistim pri nosečnosti, moderni OHK z nizko vsebnostjo hormonov ne predstavljajo druge ovire za rekreativno potapljanje kot tiste, ki sledi iz slabega počutja zaradi njih uporabe.